Både Rune och dess feminina form Runa är bildat av ordet runa "bokstav". Därtill användes också Rune i fornsvenska som smeknamn för namn som Runfast där ordet run betyder "hemlig visdom'" Namnet var mycket vanligt på 1920- och 1930-talen. Äldsta belägget i Sverige är från år 1832. Den 31 december 2014 fanns det totalt 31 023 personer i Sverige med namnet Rune, varav 9 206 med det som tilltalsnamn. År 2014 fick 12 pojkar namnet som tilltalsnamn.
Namnsdag, i Finland 28 februari, i Sverige 24 november (sedan 2001, dessförinnan 1 juni och 2 juni). Rune förekommer också som efternamn där det idag finns 3 eller 4 olika släkter med det tagna efternamnet Rune.