Mikrovågsugnen uppfanns av den amerikanska ingenjören Percy Spencer. Den började produceras kommersiellt 1947 och var på den tiden 1,7 meter hög, vattenkyld och vägde 340 kilogram. Försäljningssuccén lät dock vänta på sig till 1970-talet, då den främst märktes av i USA.
I Sverige slog den igenom på allvar på 1980-talet.
Mikrovågsugnen fungerar genom att ett högfrekvent elektromagnetisk fält (RF) alstras i ugnen med hjälp av en magnetron. Mikrovågorna i dagens ugnar har frekvensen 2,45 GHz och en våglängd av omkring
12 centimeter. Alla material som antingen leder ström eller som har någon form av fria dipoler i sig kommer att värmas upp.
Vattenmolekylen blir på grund av sin uppbyggnad av väte- och syreatomer en elektrisk dipol med en positiv och en negativ ände. Dipolens negativa ände kommer att söka en positiv ände och därmed radar vattenmolekyler upp sig i kedjor med något tiotal vattenmolekyler.
En elektrisk dipol i ett elektriskt fält försöker alltid ställa in sig i fältets riktning. Eftersom dipolerna skall rätta in sig längs med fältet kommer kedjorna med vattenmolekyler att vridas sönder. Detta motsvarar ett tillskott av energi, när molekylerna åter försöker rada upp sig i kedjor kommer överskottsenergin i form av vattenmolekylernas slumpvisa rörelse, motsvarande en snabb temperaturhöjning. Om materialet även leder ström via elektroner, till exempel saltvatten, kommer även detta att leda till uppvärmning.
I fruset vatten är däremot dipolerna fixerade och det är därför is är svårt att få varmt i mikrovågsugnen: mikrovågorna går i princip rakt igenom. En isbit smälter dock så småningom ändå, eftersom den tunna vattenhinnan på ytan absorberar mikrovågen, blir varm och i sin tur smälter loss mer vatten ur isbiten. Det går alltså att koka vatten i en grop på en isbit (ända tills vattnet smälter isen). Ett gott råd är därför att hälla på en gnutta vatten, särskilt på stora isblock, för att snabbare tina fryst mat.
Mikrovågsugnar lyfter vissa frågeställningar angående säkerhet som läckage av mikrovågsstrålning utanför ugnens hölje samt för att maten i ugnen ska fatta eld vid höga temperaturer.
Svenska Livsmedelsverket har däremot inte funnit några säkra belägg för att mat tillagad i mikrovågsugn skadar näringsämnen i maten. Enligt Livsmedelsverket är mikrovågsugn
"ett skonsamt sätt att tillaga mat på".
Mikrovågsugnen bör aldrig köras tom eftersom det kan skada magnetronen. Plastfilm med lufthål eller täcklock är att föredra framför vanliga tätslutande lock. Mikron bör även hållas under uppsikt vid användning på grund av att brännbara material i värsta fall kan fatta eld. Ägg bör inte kokas på vanligt sätt i mikron på grund av hög explosionsrisk. Ute på marknaden finns däremot särskilda behållare avsedda för äggkokning i mikrovågsugn.
Alla typer av metallföremål har tidigare ansetts som en fara att värma i mikrovågsugnen med risk att förstöra mikron, men 2007 gav omfattande tysk forskning andra slutsatser. Nu rekommenderas ibland viss metallanvändning såsom tesked eller aluminiumfolie av tillverkarna för att få önskad värmefördelning. Metallanvändning bör för övrigt undvikas, med risk för gnistbildning eller försämrad uppvärmning då mikrovågorna inte kan tränga igenom metallen. För den som vill använda metallkärl finns speciella aluminiumformar som är särskilt anpassade för mikrovågsugn.
Tallrikar med guld- eller silverkant bör inte värmas i mikrovågsugnen eftersom dekoren kan bli missfärgad eller delvis försvinna.